De retour au Sénégal en 1978 après avoir dirigé le contingent d'observateurs pour la supervision du cessez-le-feu entre le Front de Libération Moro et le gouvernement des Philippines, à l'époque du président Marcos (entre 1976 et 1978), lieutenant-colonel, il est nommé adjoint logistique du sous-chef d'état-major général des Armées et chef de la division études générales.
Entre 1984 et 1987, il est directeur de l'École Polytechnique de Thiès, puis directeur de la sécurité publique au ministère de l'Intérieur, entre 1987 et 1991, au plus fort de la fameuse grève des policiers (1987) et de la présidentielle mouvementée de 1988.
Promu Général de Brigade le 1er juillet 1993, il est nommé inspecteur général des forces armées, puis, le 1er juillet 1996, septième Chef d'état-major général des Armées. Il remplace à ce poste le Général Mouhamadou Lamine Keita qui fut nommé ambassadeur en Allemagne. Il crée la zone militaire no 7 de Kolda dont le premier commandement est assuré par Babacar Gaye.
Il a été Représentant spécial du Secrétaire général de l’ONU et chef du Bureau des Nations Unies pour la consolidation de la paix en République centrafricaine (Bonuca) de 2011 à 2007 Ministre sénégalais de l’Intérieur en 1997. Premier militaire sénégalais à occuper le poste stratégique de Ministre de l'Intérieur (Sénégal) en 1997, il a organisé les élections législatives de mai 98 et les élections présidentielles de février et mars 2000 (deux tours) à la suite de laquelle l'alternance politique est intervenue au Sénégal sans effusion de sang.
Le 12 septembre, le Secrétaire général de l'ONU, M. Ban Ki-moon, a provisoirement réaffecté le général Lamine Cissé à la tête du Bureau des Nations unies en Afrique de l'ouest.
Il est président fondateur président de l'Observatoire international de la démocratie et de la gestion des crises et conflits (OIDEC) basé à Dakar et fondé en avril 2000.
En février 2010, quelques mois avant l'élection présidentielle guinéenne du 27 juin 2010 qui marque une transition politique significative, la Communauté économique des États de l'Afrique de l'Ouest (CEDEAO) et le Bureau des Nations unies en Afrique de l’Ouest lui confient une mission en Guinée : avec une équipe d'experts, il est chargé d'y évaluer le secteur de la sécurité afin de préparer une restructuration des forces armées.
